W Sanktuarium św. Jana Pawła II nie mogło zabraknąć kaplicy poświęconej Najświętszemu Sercu Pana Jezusa. – Wiemy, jak wielkie nabożeństwo do Serca Pana Jezusa miał Jan Paweł II, który nosił przy sobie, aż do śmierci, własnoręcznie napisany akt poświęcenia się Sercu Jezusowemu, zakończony słowami: „Wszystko dla Ciebie, Najświętsze Serce Jezusa”.
Centralnym miejscem kaplicy jest kopia obrazu Jezusa z kościoła przy krakowskim domu generalnym sióstr sercanek. Po lewej stronie umieszczono obraz św. Józefa Sebastiana Pelczara, po prawej w przyszłości zawiśnie wizerunek założycielki Zgromadzenia Służebnic Najświętszego Serca Jezusowego – Sługi Bożej Matki Klary Szczęsnej, której proces beatyfikacyjny rozpoczął papież Franciszek promulgując dekret o cudzie przypisywanym wstawiennictwu czcigodnej Sługi Bożej.
W kaplicy znalazły się również relikwie św. Józefa Sebastiana Pelczara i bł. Matki Klary Szczęsnej.
Kaplicę ufundowały siostry sercanki, które od początku istnienia zgromadzenia związane były zarówno z Kościołem krakowskim, jak i posługą w Rzymie i Watykanie. Przez cały pontyfikat kompetentnie, ofiarnie i dyskretnie służyły Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II.
Podczas uroczystego poświęcenia kaplicy, metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz dziękował siostrom sercankom za tę kaplicę, która jest także symbolem charyzmatu sióstr i nabożeństwa do Serca Pana Jezusa. To także symbol duchowości założycieli zgromadzenia – św. Józefa Sebastiana Pelczara oraz Matki Klary Szczęsnej.