Z Katedrą związane są cztery decydujące momenty życia Karola Wojtyły/Jana Pawła II. 2 listopada 1946 roku odprawił swoją pierwszą Mszę przy neoromańskim ołtarzu w krypcie św. Leonarda m.in. w intencji swych zmarłych rodziców i brata. W dniu 28 września 1958 roku, w uroczystość św. Wacława, patrona Katedry Wawelskiej był konsekrowany na biskupa a 8 marca 1964 roku odbył się Jego arcybiskupi ingres do Katedry. i Ingres kardynalski nastąpił w dniu 9 lipca 1967 roku.
Do Katedry, na Niedzielę Zmartwychwstania Pańskiego albo niedziele w okresie Bożego Narodzenia, biskup Wojtyła zapraszał parafie, które wizytował w ciągu roku. Każdego roku zapraszał także młodzież.
W czasie swego pontyfikatu papież Jan Paweł II przybywał do tego szczególnego miejsca podczas wszystkich wizyt w Krakowie: w latach 1979, 1983, 1987, 1991, 1997, 1999 i 2002.
Krypta św. Leonarda – miejsce mszy prymicyjnej ks. Karola Wojtyły