Kościół Górny Sanktuarium św. Jana Pawła II w Krakowie został oddany dla wiernych w czerwcu 2013 roku. Posiada około 800 miejsc siedzących, a we wnętrzu świątyni mieści się prawie 3000 osób. Świątynia została uroczyście poświęcona przez kard. Stanisława Dziwisza metropolitę krakowskiego w obecności Episkopatu Polski w dniu 23 czerwca 2013 roku.
12 czerwca 2016 roku na placu przed Sanktuarium stanął pomnik Jana Pawła II. Prawie 3,5 metrowa, odlana z brązu rzeźba przedstawia Papieża Pielgrzyma zwróconego w kierunku Sanktuarium Bożego Miłosierdzia, opartego o krzyż, z barankiem u swego boku. Autorem pomnika jest krakowski rzeźbiarz Władysław Dudek.
W lipcu 2016 Sanktuarium przeżywało najbardziej doniosłe wydarzenie w swojej krótkiej historii. 30 lipca, z okazji Światowych Dni Młodzieży, Sanktuarium poświęcone swojemu poprzednikowi Janowi Pawłowi II, nawiedził Papież Franciszek, który odprawił tutaj uroczystą Mszę św. dla osób konsekrowanych.
Podczas Światowych Dni Młodzieży Sanktuarium nawiedziło ok. 1 mln pielgrzymów, którzy rozpoczynali tu każdego dnia tzw. Pielgrzymkę Miłosierdzia prowadzącą do Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach. Oprócz tego papieskie Sanktuarium ugościło ponad tysiąc wolontariuszy, którzy mieszkali na terenie Centrum.
W 2016 roku, po prawie dwóch latach zakończyły się prace związane z wykonaniem organów piszczałkowych dla papieskiego Sanktuarium. 52-głosowy instrument wyprodukowała
i zainstalowała uznana w Polsce i na świecie firma Zakłady Organowe „Zych” z Wołomina.
16 października 2016, w 38. rocznicę wyboru Karola Wojtyły na papieża, metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz dokonał uroczystej konsekracji górnego kościoła Sanktuarium Świętego Jana Pawła II na Białych Morzach.
Nad wejściem do Kościoła Górnego widnieją dwie sentencje w języku łacińskim, obie bardzo silnie związane z pontyfikatem Jana Pawła II, często przez niego cytowane,: „Nolite timere” („Nie lękajcie się”) i „Aperite Portas Christo” („Otwórzcie drzwi Chrystusowi”. „Nolite Timere” to słowa Pana Jezusa dlatego umiejscowione zostały powyżej cytatu z Jana Pawła II.
Drzwi z brązu
Do kościoła górnego wprowadzają nas masywne drzwi z brązu, nawiązujące swą stylistyką do słynnych Drzwi Gnieźnieńskich przedstawiających osiemnaście scen z życia św. Wojciecha, tudzież drzwi Katedry w Płocku, które zdobią sceny z życia Jezusa Chrystusa. Drzwi składają się z trzech części, z których środkowa nie jest otwierana na co dzień, a jedynie podczas uroczystości. U samej góry, na całej długości drzwi rozciąga się łaciński napis: „Kto trwa we mnie, a ja w nim przynosi owoc obfity”.
Środkowa część drzwi przedstawia postać Jana Pawła II, który stoi zwrócony twarzą do wnętrza kościoła i uchyla drzwi świątyni, zachęca nas by wejść do środka, innymi słowy – prowadzi do 
świętości. Kiedy przypatrzymy się dokładnie, drzwi sprawiają wrażenie jakby delikatnie się uchylały. Postaci znajdujące się na prawym skrzydle drzwi, przedstawiają współczesnych świętych, ludzi zwyczajnych, także świeckich. Ma to uzmysłowić nam, że każdy z nas jest powołany do świętości, że i my możemy być świętymi. Widzimy więc postać Sługi Bożego Jerzego Ciesielskiego, obok – Joanna Beretta Molla z dzieckiem na ręku, ks. Jerzy Popiełuszko. Na dalszym planie św. Brat Albert. Jest również siostra Faustyna ale pokazana w sposób bardzo dyskretny i – podobnie jak papież – skierowana twarzą do wewnątrz świątyni.
Na drzwiach z lewej strony przedstawiono sceny z życia Karola Wojtyły. Pierwsza z nich obrazuje chrzest Karola w wadowickiej świątyni i odnosi się do tych treści z nauczania papieża, które
traktowały o wartości życia ludzkiego, obronie życia poczętego. Scenie nadano tytuł papieskiej encykliki „Evangelium Vitae”. Kolejna scena przedstawia pielgrzymkę do Kalwarii, kiedy ojciec Karola przyprowadził go przed oblicze Matki Bożej Kalwaryjskiej, dlatego też obraz podpisany został – „Redemptoris Mater” – i nawiązuje do szczególnej relacji Jana Pawła II do Maryi, do kultu maryjnego. W trzeciej scenie widzimy młodego Karola Wojtyłę podczas pracy w kamieniołomie w Solvayu. Obraz zatytułowany został „Laborem Exercens”. Kolejna scena „Ecclesia De Eucharistia” wskazuje na znaczenie Eucharystii w życiu kościoła. Widzimy na niej ks. Wojtyłę celebrującego mszę świętą. Na kolejnym obrazie – ks. Karol Wojtyła przebywający wśród ludzi świeckich, na łonie przyrody. Scena zatytułowana „Christifideles Laici” wskazuje na tę naukę papieża, która dotyczyła roli osób świeckich w Kościele. Ostatnia scena – „Fides Et Ratio” (Wiara i Rozum) mówi nam o papieżu, który był filozofem, myślicielem, twórcą.
Na drzwiach z prawej strony ukazano historię papieża Jana Pawła II. Na samej górze widzimy papieża pielgrzyma („Redemptoris Missio”). Scena mówi nam o powołaniu misyjnym, o wadze tego 
powołania. Na kolejnym obrazie papież błogosławi rodzinom, dlatego scena zatytułowana została „Familiaris Consortio”. Taki tytuł nosiła posynodalna adhortacja papieża Jana Pawła II o zadaniach rodziny chrześcijańskiej w świecie współczesnym. Trzecia scena – „Dives In Misericordia” nawiązująca do encykliki o Bożym Miłosierdziu przedstawia zamach na papieża. Matka Boża Fatimska otacza papieża płaszczem, w rogu obrazu widać narzędzie zamachu – pistolet, i dłoń zamachowca. Kolejna scena mówi o jedności w kościele, która była wielką troską papieża. Scena „Ut Unum Sint” przedstawia papieża z duchownymi: protestanckim i prawosławnym. W tle widzimy postaci Cyryla i Metodego. Przedostatnia scena, na której widzimy postać Ojca Świętego idącego z krzyżem w towarzystwie Matki Teresy z Kalkuty, mówi nam o cierpieniu, o roli cierpienia w życiu każdego człowieka, ale także o cierpieniu, które było udziałem papieża. Obraz zatytułowany został „Salvifici Doloris” i jego treść nawiązuje do listu apostolskiego Jana Pawła II o chrześcijańskim sensie ludzkiego cierpienia. Ostatnia scena, która przedstawia pogrzeb Ojca Świętego Jana Pawła II zatytułowana została „Dominum Et Vivificantem” – i tak jak tytuł encykliki , mówi o Duchu Świętym, który daje życie. W pierwszej scenie, scenie chrztu – wprowadza w życie chrześcijańskie, w ostatniej – w wieczne.
Przedsionek świątyni
W architekturze tradycyjnej przedsionek kościoła miał znaczenie symboliczne, był miejscem przejścia w stronę sacrum, miejscem wyciszenia. Także i w tej świątyni przedsionek nie jest zwykłą 
przestrzenią lecz nawiązuje do dziedzińców w starochrześcijańskich świątyniach. Na środku owych dziedzińców znajdowała się często studnia, będąca miejscem oczyszczenia. W naszym kościele nawiązuje do niej duża kropielnica umieszczona w centralnej części przedsionka. Kropielnica ma kształt kielicha. Pod jej koroną widnieje łaciński napis z Ewangelii Św. Jana: „Kto zaś będzie pił wodę, którą ja mu dam, nie będzie pragnął na wieki ”. Sentencja ma nam przypominać o tym, że przez chrzest święty staliśmy się dziećmi Jezusa Chrystusa. Sklepienie przedsionka jest oszklone, więc kiedy spojrzymy w górę, widzimy niebo. Światło pada na nas z góry. Ta oś pionowa, ta łączność pomiędzy Stworzycielem i Stworzeniem jest niezwykle ważna.
Kościół
Pośrodku kościoła, w posadzce, umieszczony został herb Jana Pawła II. Bezpośrednio pod nim, w dolnym kościele, w Kaplicy Relikwii znajduje się Ołtarz gdzie umieszczone zostały relikwie krwi św. 
Jana Pawła II. Herb spełnia zatem także funkcję punktu odniesienia do usytuowania kościoła dolnego.
Za ołtarzem znajduje się obejście. Takie rozwiązanie często pojawia się w sanktuariach pielgrzymkowych. Funkcjonuje m.in. na Jasnej Górze. Ma ono zarówno znaczenie symboliczne jak i praktyczne. Pielgrzym przybywający do miejsca kultu, na końcu drogi nie cofa się, lecz obchodzi ołtarz. Tego typu obejścia są bardzo powszechne także na Śląsku.
Za nim, za obejściem, znajdą się trzy kaplice – Nazaret, Betlejem i Jerozolima (Kalwaria).
Źródła: ks. Michał Leśniak, arch. Andrzej Mikulski