Kościół dolny architektonicznie nawiązuje do katakumb, świątyń starożytnych, których przestrzeń przypominała poniekąd labirynt. Wykute w skałach korytarze, wiodły pierwszych chrześcijan do centralnego miejsca spotkania. Pomysł, by właśnie w ten sposób zbudować kościół dolny ma dodatkowe zalety, stwarza bowiem intymność spotkania z Bogiem. Idąc korytarzem do czegoś dążymy, nie wszystko widzimy od razu, mijając lub odwiedzając poszczególne kaplice i zaułki, powoli odkrywamy tajemnicę wnętrza. Ściany i oratoria jakby osłaniają centrum świątyni, jej serce, którym jest ołtarz. Idąc korytarzem już jesteśmy w świątyni, przekroczyliśmy miejsce, w którym znajduje się kropielnica ale nie jesteśmy jeszcze w jej centrum gdzie celebrowana jest liturgia. Korytarze i oratoria stanowią zewnętrzną część świątyni, należą do niej ale funkcjonują odrębnie. Ta sekwencyjność przestrzeni umożliwia także jakby dwutorowe życie kościoła; podczas gdy we wnętrzu świątyni dolnej sprawowana jest Eucharystia, w kaplicach, w tym samym czasie, pielgrzymi mogą gromadzić się na modlitwie indywidualnej nie zakłócając porządku mszy.
Kościół dolny ma obszerny rzut architektoniczny, zajmuje dużo przestrzeni. Jest jednak dosyć niski. Jego wysokość zdeterminowana została ukształtowaniem terenu, na którym powstawał kościół (tzw. dolny taras). Właśnie w tym kościele znajdują się relikwie św. Jana Pawła II, dlatego też kościół ten nazwany został Kościołem Relikwii. W tradycji, dolne części świątyń, podziemia, były miejscem pochówku męczenników, wielkich chrześcijan, dlatego też umieszczenie relikwii św. Jana Pawła II właśnie w kościele dolnym ma swoje głębokie uzasadnienie.
Oratoria przylegające bezpośrednio do świątyni (kaplice wewnętrzne) swą architekturą nawiązują do domku Maryi znajdującego się w Efezie (kształt, nieregularne wątki ścian). W całym kompleksie, a więc także w kaplicach i kościele dolnym dominuje biały kamień. Biel jest kolorem szat papieskich, i ma nam przypominać papieża.
Kiedy z korytarza wejdziemy do centrum świątyni i spojrzymy w górę, zauważymy, że belki przecinające się w sklepieniu tworzą ośmioramienną gwiazdę, której ramiona jakby „wyrastają” z kaplic maryjnych. Utworzona w ten sposób gwiazda ma nawiązywać do postaci Najświętszej Maryi Panny Gwiazdy Morza – Stella Maris. Takie rozpostarcie belek sprawia wrażenie jakoby Maryja przygarniała nas wszystkich, otaczała ramionami.
Centrum świątyni stanowi marmurowy ołtarz wewnątrz którego, w szklanej szkatule umieszczony został Relikwiarz krwi Jana Pawła II, którą lekarze z rzymskiej kliniki Gemelli prz
ekazali osobistemu sekretarzowi papieża, kardynałowi Stanisławowi Dziwiszowi. To niewątpliwie najcenniejsza z relikwii, które zostały ofiarowane Sanktuarium. To co wyróżnia kościół dolny to umiejscowienie ołtarza, który znajduje się pośrodku kościoła i nawiązuje do pierwotnych tradycji, kiedy to prześladowani chrześcijanie spotykając się w katakumbach i w prywatnych domach gromadzili się wokół stołu, gdzie wspólnie modlili się i spożywali posiłek.
Przed Ołtarzem umieszczona została specjalna skrzynka, do której pielgrzymi przybywający do sanktuarium składają swoje prośby. Modlitwy w tych intencjach odbywają się codziennie podczas nabożeństwa do św. Jana Pawła II i w niedziele. W ten sposób kontynuowana jest tradycja z Watykanu, kiedy to pielgrzymi przynosili do świątyni swe prośby i pozostawiali kartki z intencjami na papieskim klęczniku.
Na posadzce świątyni, z tureckiego i hiszpańskiego marmuru, umieszczone zostały herby Jana Pawła II, Benedykta XVI i kard. Stanisława Dziwisza.
W niszy głównego ołtarza ośmiobocznej świątyni widnieje wizerunek Jana Pawła II w otoczeniu dziesięciu polskich świętych, kanonizowanych za Jego pontyfikatu. Po lewej stronie widzimy Jadwigę Andegaweńską, brata Alberta z chlebem w dłoni, Kingę, Rafała Kalinowskiego w pozie modlitewnej, z krzyżem, i Jana z Dukli. Z lewej strony widnieje postać Faustyny Kowalskiej, Teresy Benedykty od Krzyża – Edyty Stein, Maksymiliana Marii Kolbego z różańcem w ręku, bpa Józefa Sebastiana Pelczara – rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego i założyciela Zakonu Sióstr Sercanek, a także siostrę Urszulę Ledóchowską – patronkę uśmiechu. W obrazie przedstawione są także dwa miejsca szczególnie bliskie sercu Jana Pawła II – Watykan i katedra na Wawelu. Wnęka ołtarza, w której znajduje się ów obraz, pełni funkcję prezbiterium, przestrzeni dla duchowieństwa i celebransów. Ta część świątynnego centrum to Ołtarz Słowa Bożego.
Pozostałe ściany kościoła Relikwii zdobią polichromie i mozaiki przedstawiające sceny z wybranych pielgrzymek Jana Pawła II do sanktuariów maryjnych. Taki dobór treści obrazów ma podkreślać szczególną pobożność maryjną, która cechowała papieża Polaka.
Kościół Relikwii otaczają kaplice: Kapłańska, Pojednania, , św. Jakuba Starszego, św. Kingi i św. Jadwigi oraz oratoria poświęcone Najświętszej Maryi Pannie, której losy swoje i całego świata zawierzył Jan Paweł II w papieskim zawołaniu „Totus Tuus”. Znajdują się w nich wizerunki Matki Bożej przekazane w darze do Sanktuarium z różnych części świata. Wśród nich wizerunek Maryi z Loreto, Santa Maria Maggiore w Rzymie, Guadelupe i Częstochowy. Wybrane oratoria zostały wykonane przez sanktuaria maryjne, m.in. w Ludźmierzu oraz Piekarach Śląskich. Powstało także oratorium poświęcone Świętej Królowej Jadwidze, ufundowane przez krakowską parafię, której Polska Królowa jest patronką. Zewnętrzne ściany oratoriów, będące jednocześnie ścianami Kościoła Relikwii, zdobią obrazy przedstawiające wizyty Jana Pawła II w sanktuariach: w Fatimie, Lourdes, Mariazell, Altötting, Częstochowie i Kalwarii Zebrzydowskiej.
Wejścia do kaplic kościoła dolnego wychodzą na mury, nie pokrywają się z parami drzwi wejściowych do świątyni. Gdyby zastosować inne rozwiązanie, kaplice straciłyby swoją intymność, wnętrza oratoriów byłyby widoczne na zewnątrz kościoła. Przez to, także pielgrzymom przychodzącym do kaplic na indywidualną modlitwę, trudno byłoby odnaleźć klimat intymności.
Na wprost wejść do świątyni dolnej, na ścianach, w miejscach gdzie obecnie znajdują się krzyżyki, pojawią się stacje drogi krzyżowej.
Źródła: ks. Michał Leśniak, arch. Andrzej Mikulski