W 1987 roku w czasie trzeciej pielgrzymki do Polski papież odwiedził Jasną Górę, Warszawę i Łódź.
CZĘSTOCHOWA JASNA GÓRA: Kaplica Cudownego Obrazu – msza św. • Spotkanie z paulinami i pielgrzymami
ŁÓDŹ: Lotnisko Lublinek – msza Św., podczas której 1,5 tys. dzieci przystąpiło do I Komunii św. (część z nich otrzymało Sakrament z rąk Jana Pawła II) • Katedra – spotkanie z przedstawicielami świata nauki i kultury • Łódzkie Zakłady Przemysłu Bawełnianego „Uniontex” – spotkanie z włókniarkami
WARSZAWA: Kościół św. Krzyża – spotkanie z przedstawicielami świata kultury
- W 1994 roku miało miejsce 5. Zgromadzenie Plenarne Kolegium Kardynalskiego, poświęcone przygotowaniom do Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. Słowa Papieża: Mnie osobiście dane było w szczególny sposób odczytać przesłanie Matki Bożej z Fatimy: naprzód […] w momencie zamachu na życie Papieża, jak też […] w związku z załamywaniem się komunizmu w krajach bloku sowieckiego. Myślę, że doświadczenie to jest dość przejrzyste dla nas wszystkich.
- W 1999 roku w ramach siódmej pielgrzymki do Ojczyzny papież odwiedził Warszawę i Radzymin
WARSZAWA: Plac Piłsudskiego – msza św. beatyfikacyjna Edmunda Bojanowskiego, m. Reginy Protmann i 108 męczenników (1 min osób). Koronacja obrazu Matki Bożej z parafii Najświętszego Zbawiciela w Warszawie • Anioł Pański • Okęcie – spotkanie z pracownikami Polskich Linii Lotniczych LOT
RADZYMIN: Nawiedzenie cmentarza poległych w Bitwie Warszawskiej w 1920 roku.
WARSZAWA PRAGA: Liturgia Słowa przed katedrą św. Floriana • Nawiedzenie katedry
- W 2000 roku Ojciec Święty wyraził swoje zadowolenie z ułaskawienia Ali Agcy przez ówczesnego prezydenta Włoch, Carla Azeglia Ciampiego. Stało się to na prośbę Jana Pawła II wystosowaną rok wcześniej.