Już w czasach studenckich ks. Karol Wojtyła bardzo często przychodził modlić się do Bazyliki św. Franciszka. Było to także miejsce spotkania z chorymi podczas jego pierwszej pielgrzymki do ojczyzny, 9 czerwca 1979 roku. Wówczas papież Jan Paweł II wziął udział w prawykonaniu kantaty-oratorium ku czci św. Stanisława – Biskupa i Męczennika (na 900-lecie śmierci świętego) “Beatus vir” („Błogosławiony mąż”), autorstwa Henryka Mikołaja Góreckiego.