Kościół powstał dzięki uporowi księdza Józefa Kurzei, który zabiegał o zbudowanie świątyni dla rozrastającego się osiedla w Mistrzejowicach. Kardynał Karol Wojtyła wspierał te starania mimo sprzeciwu ówczesnych władz, które chciały uczynić Nową Hutę miastem bezwyznaniowym. W 1971 roku kardynał Wojtyła odprawił pasterkę pod gołym niebem wokół słynnej mistrzejowickiej budki, gdzie skupiało się tamtejsze życie religijne. 13 maja 1975 roku poświęcono miejsce pod budowę kościoła, a 22 czerwca 1983 roku Jan Paweł II w obecności tłumu wiernych konsekrował kościół pw. Św. Maksymiliana Marii Kolbego.
Przed kościołem od 1991 roku stoi pomnik Ojca Świętego, wykonany według projektu Kazimierza Gustawa Zemły.