Karol Wojtyła, będąc studentem konspiracyjnego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej, zamieszkał w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich 10 sierpnia 1944 roku. 1 listopada 1946 roku, w prywatnej kaplicy pałacu przyjął święcenia kapłańskie z rąk księcia kard. Adama Stefana Sapiehy. W 1958 roku ks. Karol Wojtyła został biskupem, pełniąc posługę w tutejszej Kurii Metropolitalnej. Zakończył ją dopiero 16 października 1978 roku, kiedy został wybrany papieżem. Podczas całego pontyfikatu był nadal zameldowany przy ul. Franciszkańskiej 3 w Krakowie.
Podczas każdej z pielgrzymek do Krakowa Jan Paweł II mieszkał w Pałacu Arcybiskupów Krakowskich. Nad wejściem do budynku od strony ulicy Franciszkańskiej znajduje się słynne okno, z którego Ojciec Święty pozdrawiał wiernych. 16 października 2018 roku w 40. rocznicę inauguracji pontyfikatu Jana Pawła II w oknie papieskim odsłonięto mozaikę przedstawiającą św. Jana Pawła II w białych szatach otoczonego kwiatami nawiązującymi do tych, jakie Matka Boża Kalwaryjska ma na swojej szacie. Autorką mozaiki jest Magdalena Czeska. Na dziedzińcu pałacu znajduje się pomnik Jana Pawła II, dar i dzieło „Jole Sensi Croci”, odsłonięty w maju 1980 roku.
Pomnik autorstwa Jole Sensi Croci
Mozaika ze szkła weneckiego autorstwa Magdaleny Czeskiej