Mozaika znajdująca się na głównej ścianie prezbiterium składa się z trzech części. W środkowej, najistotniejszej, widzimy scenę przyjścia na świat Syna Bożego, Inkarnacji, Wcielenia. Matka Najświętsza trzyma na kolanach Pana Jezusa, a przed Nim pokłon składają Trzej Królowie. Święty Jan Paweł II stojąc wskazuje prawą dłonią na Matkę Bożą, w lewej trzyma pastorał (oryginał tego pastorału znajduje się w Kaplicy Kapłańskiej w kościele dolnym). Ta scena streszcza całe magisterium pontyfikatu Jana Pawła II; Matka Boża ukazuje Odkupiciela Człowieka ówczesnym ludom, a Jan Paweł II ukazuje Odkupiciela Człowieka współczesnemu światu, lecz ukazuje Go poprzez Matkę, bo Chrystus przychodzi do nas zrodzony z niewiasty. W ten sposób o. Rupnik wyraża także tę szczególną cechę Jana Pawła II – jaką jest jego głębokie przywiązanie do Maryi.
Najważniejszym i najbardziej symbolicznym elementem tej mozaiki jest zwój Słowa, który mały Jezus trzyma w swojej lewej dłoni. Ten zwój Pisma jest bezpośrednim nawiązaniem do słów z Ewangelii św. Jana Apostoła „A Słowo stało się ciałem i zamieszkało wśród nas” (J 1,1-18).
Bezpośrednio pod zwojem Słowa widzimy dary składane Jezusowi. Trzej Królowie symbolizują trzy wielkie rasy ludzkie, które ofiarują Chrystusowi wszystko to co w ich kulturze najcenniejsze. To bardzo piękny i symboliczny obraz. Tylko wówczas kiedy każda kultura otwiera się na Chrystusa i oddaje Mu to co ma najlepszego, staje się tym czym jest w Prawdzie. Rzeczy odkrywają się naprawdę wtedy gdy wyrażają Chrystusa. I tak jeden z Królów przyniósł złoto, ale złoto staje się prawdziwie tym czym jest, kiedy ukazuje, nie królewskość tego świata ale Króla Wszechświata jakim jest Bóg-Człowiek. Tylko w taki sposób każda kultura, każda tradycja odkrywa prawdę o sobie samej, gdy swym kulturowym dziedzictwem zdoła wyrazić Chrystusa.
Trzej Królowie to także pielgrzymi, pielgrzymi z dalekich krajów. Podobnie Jan Paweł II był człowiekiem, który przemierzył świat, by dla wielu odnaleźć Chrystusa, by zanieść Dobrą Nowinę współczesnemu światu, wszystkim narodom, wszystkim kulturom epoki nowożytnej.
Do miejsca narodzenia Mesjasza prowadziła Trzech Króli Gwiazda (w czasach dawnych wierzono, że każdy człowiek rodzi się pod jakąś gwiazdą. Zatem także narodzeniu Chrystusa towarzyszy jedna z nich).
W epoce nowoczesnej, gdzie w centrum jest człowiek, Jan Paweł II konsekwentnie wskazuje na Chrystusa. Dlatego w obrazie widzimy dłoń papieża dokładnie pod gwiazdą Mesjasza. Jan Paweł II pokazuje nam, że sens człowieka nie leży w samym człowieku ale dopiero gdy ten wychodzi na zewnątrz siebie, dopiero gdy wskazuje na Chrystusa. To człowiek staje się wskaźnikiem Boga. I w tym objawia się synteza „Redemptor Hominis” (łac. „Odkupiciel Człowieka”), pierwszej encykliki Jana Pawła II.
W obrazie twarz Jana Pawła II nie jest przedstawiona w sposób realistyczny. W opinii twórcy mozaik, realizm nie może stanowić części sztuki liturgicznej, gdyż wszystko co jest realizmem tego świata, przeminie.
Mówi o tym np. scena w Ewangelii św. Łukasza kiedy to Zmartwychwstały Chrystus towarzyszy dwóm swoim uczniom w drodze do Emaus, a Ci rozpoznają Go dopiero podczas wieczerzy kiedy łamie dla nich chleb: „Kiedy z nimi zasiadł do stołu, wziął chleb, pobłogosławił, połamał i podał im. Wtedy ich oczy się otwarły i poznali Go. On jednak im zniknął. Wtedy mówił jeden do drugiego: “Czyż nasze serce nie płonęło w nas, gdy z nami rozmawiał w drodze i gdy wykładał nam Pisma?” (Łk 24, 30-32). Także Maria Magdalena płacząca u grobu Chrystusa nie rozpoznała Go od razu: „(…) odwróciła się i ujrzała stojącego Jezusa, ale nie wiedziała, że to Jezus.” (J 20, 14).
Ci, którzy znali Chrystusa za życia, nie rozpoznali Go po twarzy: po ranach, po głosie tak, ale nie po twarzy. Jego oblicze nie było takie jak kiedyś. Było przemienione. Dlatego też twarz Jana Pawła II nie jest ukazana w sposób realistyczny. Istotą jest, by pokazać Jana Pawła II poprzez to kim był, przy użyciu uniwersalnych treści, które przekraczają indywidualność. Tylko wówczas – stosując obrazy ewangeliczne – przekaz o Janie Pawle II nie utraci wymiaru ponadczasowości i będzie On rozpoznany przez narody przyszłości poprzez to czego nauczał.
Dlatego w tej świątyni papież Jan Paweł II jest wszędzie, chociaż jego postać przedstawiona jest tylko dwa razy.