Wnętrze kościoła górnego w Sanktuarium św. Jana Pawła II zdobią oryginalne mozaiki, których twórcą jest o. Marko Ivan Rupnik – jezuita, zakonnik, ksiądz pochodzący ze Słowenii, mieszkający na stałe w Rzymie gdzie prowadzi szkołę tworzenia mozaik Centro Aletti. Ojciec Rupnik to współcześnie najbardziej utytułowany twórca mozaik na świecie. Jego dzieła zdobią m.in. sanktuaria w Lourdes, Fatimie, San Giovanni Rotondo, Kaplicę Redemptoris Mater na Watykanie.
Ojciec Marko jest przedstawicielem wschodniego typu tworzenia mozaik: duże kamienie, u przedstawianych postaci pociągłe twarze, duże oczy, wydatne kości policzkowe. W naszej kulturze częściej spotykamy się ze stylem zachodnim, charakteryzującym się drobnym kamieniem i dokładnymi kształtami.
Mozaiki kościoła górnego wykonane zostały przez 20 osobowy zespół ojca Marko Rupnika w kilku etapach.
Mozaiki posiadają bardzo bogatą symbolikę, której zrozumienie jest kluczową kwestią dla ich kontemplacji.
Symbolika mozaik w Sanktuarium św. Jana Pawła II według autora o. Marko Rupnika